conseiller d'État, directeur de cabinet du premier ministre Jean-Pierre Raffarin du 28 octobre 2003 à la démission de ce dernier le 1er juin 2005. Il est président de Réseau ferré de France de 2005 à 2007.
Le 12 janvier2006Michel Boyon, Président de Réseau ferré de France, a signé la décision de procéder au renouvellement de la ligne Douai – Valenciennes – Blanc-Misseron.Une décision qui permet de lancer les études d’avant-projet en 2006 et d'envisager le début des travaux en 2008.
Le 2 septembre2006 inauguration de la nouvelle liaison ferroviaire Ermont-Saint-Lazare par Jean-Paul Huchon, président de la région Ile-de-France, de François Scellier, président du Conseil général du Val-d’Oise, de Michel Boyon, président de Réseau ferré de France (RFF), et de Anne-Marie Idrac, président de la SNCF, Dominique Perben, ministre des Transports, de l’Equipement, du Tourisme et de la Mer. www.batiactu.com/data/01092006/01092006-133448.html Bati Actu].
Le 23 fevrier2007décret portant nomination au conseil d'administration de Réseau ferré de France. M. Hubert du Mesnil est nommé membre du conseil d'administration de Réseau ferré de France en qualité de représentant de l'Etat, sur proposition du ministre chargé des transports, de l'équipement, du tourisme et de la mer, en remplacement de M. Michel Boyon.